Музей в г. Пскове открылся в мае 1876 г. Вдохновителем был И.И. Василев, секретарь Псковского статистического комитета, при котором в 1872 г. была создана Археологическая комиссия для организации музея и начался сбор экспонатов. Инициативу псковичей поддержал губернатор М.Б. Прутченко и выделил 2 комнаты для экспозиции в Доме Дворянского собрания. В 1880 г., после создания Псковского Археологического Общества (ПАО), музей перешел в его ведение.
В 1900 г. ПАО передали Поганкины палаты ХVII в., куда после ремонта в 1902 г. переехал музей. С этого времени для псковичей слова Поганкины палаты и музей являются словами синонимами. Сергей Иванович Поганкин, богатейший купец Пскова XVII в., построил палаты на века. До наших дней они дошли полностью. Только утраченное каменное крыльцо было восстановлено в 1995-1996 гг. (арх. В.Е. Никитин на основе археологических раскопок проведенных в 80-е гг. ХХ в.).
Рядом, в здании, построенном в нач. ХХ в. на средства псковского мецената Фан-дер-Флита, размещается картинная галерея. Коллекция живописи включает полотна В. Боровиковского, Ф. Рокотова, О. Кипренского, К. Брюллова, В. Тропинина, Г. Семирадского, И. Айвазовского, И. Репина, М. Шагала, Б. Григорьева, В. Татлина, М. Шемякина, Л. Костенко, К. Петрова-Водкина, Б Кустодиева и др. В экспозициях и фондах хранится более 1000 икон, из них около 600 – XV-XVIII вв. Несмотря на многочисленные утраты, нанесенные собранию во время Великой Отечественной войны, музей обладает самой полной коллекцией псковской иконописи.
Большую ее часть составляют живописные ансамбли иконостасов, которые дают, как правило, наиболее полное и объективное представление о характере и особенностях художественного стиля своего времени. В основу экспозиции икон положены планы Пскова к.XVII-н.XVIII вв., что еще раз подчеркивает самобытность псковской художественной культуры.
В 1953 г. в музее известным русским ученым Л.А. Твороговым было организовано Древлехранилище, в котором собраны образцы русской книжной культуры: рукописи, старопечатные и редкие книги, жалованные грамоты, памятники духовной культуры русского старообрядчества. Здесь же хранятся документы и манускрипты по истории России и Западной Европы, зарубежные книги XVI-XIX вв., автографы Петра Великого, А.Д. Меншикова, Екатерины II, Александра I, А. Керн и др.
Замыкает двор Поганкиных палат здание, построенное в 1979 г. В нем расположены выставочные залы и экспозиция “Псков в годы Великой Отечественной войны”.
Псковский музей является хранителем монументальной живописи Спасо-Преображенского собора (ХII в.) Мирожского монастыря, который расписан артелью мастеров, приглашенных из Византии. Характерными образцами уже псковской фрески являются росписи храмов Рождества Богоматери Снетогорского монастыря (XIV в.) и Успения Богоматери в с. Мелетове (XV в.).
В 1986 г. в состав музея входит музей-квартира Ю.П. Спегальского (1909-1969), архитектора, реставратора, художника, посвятившего жизнь изучению и сохранению памятников древнего русского города. Его книга “Псков” выдержала 3-и издания и остается лучшим путеводителем по Пскову за послевоенное время.
Приказная палата, расположенная в Кремле, знакомит с интерьером помещений, в которых воевода и дьяки руководили Псковской землей в XVII веке. На первом этаже в галерее “Приказная палата” и выставочном зале музея экспонируются работы современных художников, реставраторов и мастеров декоративно-прикладного искусства.